En cada una de las Universidades participantes, el Máster en Iniciación a la Investigación en Salud Mental da acceso a los siguientes programas de doctorado:
| Universidad: | Doctorado en: |
| Universidad de Cantabria (UC) | –Doctorado en Biología Molecular y Biomedicina Doctorado con Mención hacia la Excelencia. –Doctorado en Ciencias de la Salud Doctorado adaptados al EEES (RD 1393/2007). |
| Universidad Complutense de Madrid (UCM) | –Doctorado en Neurociencias.- Doctorado en Biomedicina. |
| Universidad Autónoma de Barcelona (UAB) | –Doctorado en Psiquiatría. |
| Universidad de Barcelona (UB) | –Doctorado en Medicina Doctorado con Mención hacia la Excelencia. –Doctorado en Biomedicina Doctorado con Mención hacia la Excelencia. |
| Universidad de Cádiz (UCA) | –Programa Oficial de Doctorado en Ciencias de la Salud. |